ČSO je dobrovolné zájmové sdružení profesionálů i amatérů, zabývajících se výzkumem a ochranou ptáků, zájemců o pozorování ptáků a milovníků přírody. Je partnerem mezinárodní organizace BirdLife International.

[Umělé hnízdní ostrůvky pro vodní ptactvo] ČSO realizuje vlastní i mezinárodní projekty výzkumu a ochrany ptáků a jejich prostředí, popularizuje a propaguje ochranu ptáků. K mezinárodním programům, na kterých se podílí, patří např. program Významná ptačí území (Important Bird Areas), záchranné programy pro celosvětově ohrožené druhy na území Evropy, plány péče pro evropská klíčová stanoviště ptáků a Mezinárodní sčítání vodních ptáků. Příklady vlastních projektů jsou mapování rozšíření všech druhů ptáků hnízdících (1973-1977, 1985-1989) a zimujících (1982-1985) na celém území České republiky, mapování rozšíření ptáků v menších územních celcích i ve velkých městech, evidence lokalit lokálního, regionálního a národního vyznamu pro ptáky, monitoring hnízdních populací vodních ptáků, faunistický výzkum a výzkum pomocí kroužkování a vysílaček. Výzkumu a ochraně některych druhů či skupin druhů (např. čáp bílý a čáp černý, labuť velká, dravci a sovy, hrabaví, chřástal polní, bahňáci, ťuhyci) se věnují specializované pracovní skupiny, které jsou rovněž zapojeny do mezinárodních projektů.

ČSO se aktivně účastní přípravy či novelizace zákonů a vyhlášek, je účastníkem správních řízení, navrhuje vyhlašování zvláště chráněných území, je zastoupena v národních výborech pro mezinárodní úmluvy v ochraně přírody a aktivně se podílela i na přípravě vstupu České republiky do EU. Členové ČSO pomáhají ptákům zimním přikrmováním, vyvěšováním budek, stavbou umělých hnízd pro dravce a čápy, budováním ostrůvků a hnízdních podložek pro vodní ptáky. Ekologická výchova se provádí především vyhlašováním akcí pro veřejnost. K populárním akcím patří hlavně Vítání ptačího zpěvu (International Dawn Chorus Day), Světové či Evropské festivaly ptactva (World/European Birdwatch) a jednoduché odborné akce, věnované všeobecně známým ptačím druhům - jarní přílet vybraného druhu, kampaň Pták roku, sčítání labutí, čápů bílých apod. Pořádají se přednášky, výstavy, stále častější je spolupráce se sdělovacími prostředky. Velmi bohatá je publikační činnost ČSO: odborný časopis Sylvia a Buteo, spolkové Zprávy ČSO (4 čísla ročně), populárně zaměřený zpravodaj Ptačí svět (2x za rok, od roku 2006 celobarevný), výpravná brožura Pták roku a další odborné, naučné a propagační tiskoviny.

ČSO je otevřena jak pro zájemce a ochranu ptáků a jejich prostředí, tak pro všechny, jejichž zálibou je pozorování ptáků a příroda jako celek. Členové mají možnost vybrat si z bohatého programu podle svých znalostí, schopností a časových možností, mají k dispozici bohatou knihovnu, pořádají se pro ně exkurze, přednášky, ples, konference a semináře, mohou navštěvovat terénní stanice v jižních Čechách a na jižní Moravě. V jižních, západních, severních a východních Čechách a na severní, střední a jižní Moravě se mohou stát členy regionálních poboček ČSO.